CS4ではJavaScriptプログラムを制作、実行、デバッグできるExtendScript Toolkit CS4が付属しています。InDesign CS4からスクリプトを実行するだけでなく、ExtendScript Toolkitからも実行することができます。この場合、実行するアプリケーション名InDesign CS4を選択してから再生ボタンを押します。
ExtendScript Toolkit CS4でスクリプトを作成した場合、文字コードは自動的にUTF-8 (BOM:Byte Order Mark) になります。
スクリプト制作で不具合が発生した場合、ExtendScript Toolkit CS4を使ってデバッグすると解決が早いかもしれません。